盘点基因大数据的“巨无霸”与“实力玩家”丨亿欧智库精选

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2018-03-31 09:01
[ 亿欧导读 ] 互联网时代下,全球每日产生的数据量已经在ZB级别,Google、Amazon、阿里巴巴等科技巨头已经开始将利用DNA进行数据存储,本文盘点了基因大数据的“巨无霸”与“实力玩家”。
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提到数据存储,可能您第一时间想到的是硬盘,高级一些的则是SSD(固态硬盘)。而互联网时代下,全球每日产生的数据量已经在ZB级别(Zettabyte,即十万亿亿字节),互联网科技巨头的数据存储早已不再依靠硬盘,而是一种新型的数据存储技术:DNA存储技术。

DNA存储技术

DNA存储技术可追溯至2012年,哈佛大学研究团队尝试用DNA概念技术,将一组黑白电影的像素指定了一个DNA编码,然后将这段DNA,导入大肠杆菌基因中。结果大肠杆菌成功的繁育了后代,而且存储在DNA组织中的黑白电影是完整无缺的。2013年,英国科学家宣布的一项最新研究成果,制造出能够容纳高达31TB数据的、只有手掌大小的DNA。

今天,DNA存储技术已经开始应用于Google、Amazon、阿里巴巴等企业,一些新兴生物科技企业也在积极进行相关服务的拓展。本文将盘点基因大数据的“巨无霸”与“实力玩家”(文章选自基因空间)。

巨无霸玩家

谷歌和亚马逊等开创大数据时代的玩家,利用自身在云计算上的优势,都抢先一步进入了基因大数据时代。Tute Genomics把它的大部分数据放在了谷歌基因组上,DNAstack(一家加拿大的基因大数据公司)也与谷歌基因组展开全面合作。DNAnexus、EBI和HLI等则把数据共享和计算任务交给亚马逊的云平台。

在整合分析软件方面,谷歌则是更进一步,不仅发挥自身的优秀搜索平台BigQuery整合到谷歌基因组中,还把Broad研究所的基因组分析软件包(GATK)也整合了起来。这样一来,普通用户就不需要再自行安装分析软件、搭建分析流程了。在可预见的未来,随着谷歌基因组的用户越来越多,整合的软件也会更多。

基因大数据时代来临,国内的云平台巨头也不甘示弱。2015年到2016年年初,阿里云先后与国内基因领域的重量级玩家包括安诺优达(一家专注于新一代基因组学技术在人类医学健康领域应用的公司)、贝瑞和康(致力于应用高通量基因测序技术,为临床医学疾病筛查和诊断提供“无创式”整体解决方案)和华大基因(产学研一体的基因研究巨头)签署了合作协议,共同开发适用于基因产业和精准医疗的云计算平台及基因数据库。

通过这些合作,阿里希望完成其在基因领域的布局,以云计算为依托,满足医学研究、疾病筛查及临床医疗等不同应用场景、模式对数据处理、存储和传输的需求。而国内另一家云计算企业华为也在2015年联姻华大基因,以共同开发基因大数据存储系统。

 这些科技界巨头的加入,虽然在一定程度上挤占了那些致力于开发专用于基因云平台的创业公司的机会,但对于基因大数据产业是一件好事:他们提供了强大、安全、可靠的计算平台,而创业者们只需要集中精力在基因大数据分析方面进行创新就可以了。

实力玩家

除了老牌云平台玩家和基因大数据新贵,众多生物科技和制药企业也通过收购的方式进入基因大数据领域。2014年,德国生物制剂公司Qiagen将Biobase收入囊中。

Biobase是一家专注于基因功能、调控分析、突变注释和制药相关分析的生物数据库公司,提供包括人类基因突变数据库、致病突变数据库和影响药物效果的突变数据库等,其数据库都经过手动验证。

2012年,美国生物科技公司Amgen(安进)以4.5亿美元收购了Decode Genetics(deCODE),后者是一家致力于发现基因与疾病关联和精准医疗的大数据公司。deCODE成立于冰岛,利用其独特的技术知识和冰岛人口完善的医疗数据库资源,目前已发现包括心血管疾病和癌症在内的数十种疾病的遗传风险因子。

2013年,Amgen将Decode Genetics分拆,成立了NextCODE,其主营业务是以测序为手段的诊断(即基因检测)。2013年10月,NextCODE从安进公司获得由deCODE开发的基因临床诊断应用技术的5年独家授权。

2015年,中国药企药明康德以6500万美元现金收购NextCODE,并计划将NextCODE与药明康德基因中心合并,成立一家新公司WuXi NextCODE Genomics。

除了制药企业,测序仪生产厂家也不甘寂寞,纷纷出手进入基因大数据分析领域。比如,Illumina于2015年9月将GenoLogics收入囊中;GenoLogics是一家实验室信息管理系统厂商,此举将提高Illumina系统的集成度,增加实验室对其产品的黏度。Roche(罗氏)则更早一步于2014年买下Bina Technologies。后者是提供全套NGS数据分析,号称能够完成从数据到信息再到知识的一站式服务。BinaTechnologies已被Roche并入其测序部门。

走整合路线的当然不仅仅是硬件企业。前几年华大基因收购CG(Complete Genomics)就是走了一条“逆推”的路线,其目的同样是建立完整的生态圈。这就意味着在不远的将来,人们买了哪家的测序仪器,就能以较低甚至免费的价格使用相应的数据分析服务。或者反过来,选择哪家企业分析数据,就能以较低的价格测序了。

不管哪种方式,都势必会改变基因大数据领域的玩法。


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  • 速贷100
  • 2018-03-31 16:15
  • 厉害了

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